50 avant J.-C. : la bibliothèque d'Alexandrie, qui renferme plus de 700 000 volumes, est de loin la plus grande collection de manuscrits religieux, philosophiques et scientifiques de son époque. Elle va soudainement disparaître sans laisser de traces, dans des circonstances qui demeurent, aujourd'hui encore, mystérieuses. 2007 : Cotton Malone, ex-agent du département de la Justice américain, a repris à Copenhague ses activités d'expert en manuscrits lorsque son fils est kidnappé par une mystérieuse organisation.

Quel est le secret des sœurs-servantes de Saint-Michel, société secrète liée aux toutes premières heures du christianisme ? 1209, Sud-Ouest de la France. En charge de la croisade contre l'hérésie cathare, les Dominicains poursuivent dans l'ombre un autre objectif : en finir avec une société secrète, les sœurs-servantes de Saint-Michel, dépositaire depuis plusieurs siècles de mystérieuses reliques liées aux premières heures du christianisme. 1428, Pyrénées. L'Espagne est occupée par les musulmans.

Fatima, Portugal : la Vierge apparaît à la jeune Lúcia et lui confie trois secrets. Les deux premiers sont rendus publics. Mais rien ne filtre concernant le troisième, jusqu'à ce que le Vatican en livre une " version officielle ". Rome, Vatican : le souverain pontife envoie son homme de confiance, monseigneur Michener, en Roumanie afin de transmettre un message confidentiel à un vieux prêtre. Michener découvre que celui-ci est le traducteur du troisième secret. Dès lors, il devra faire preuve de toute son habileté pour déjouer la conspiration qui le guette et échapper à ceux qui veulent à tout prix garder cachée la terrible vérité.

Une nouvelle enquête de Cotton Malone. 2023 : Cotton Malone visite le château de Herrenchiemsee, près de Munich. Construit sur une île, celui-ci a été conçu sur le modèle de Versailles par Louis II de Bavière, admirateur passionné de Louis XIV. Si l'édifice est inachevé, il renferme néanmoins de nombreux mystères. Cotton l'apprend à ses dépens lorsque, au milieu de sa visite, un individu lui tire dessus avant de s'emparer d'un livre dissimulé dans le compartiment caché d'un bureau en marqueterie.

Robert Langdon, le célèbre spécialiste de symbologie religieuse, est convoqué par le Conseil européen pour la recherche nucléaire à Genève. Le physicien Leonardo Vetra a été retrouvé assassiné dans son laboratoire. Sur son corps, gravé au fer rouge, un seul mot : ILLUMINATI. Les Illuminati, une confrérie secrète disparue depuis quatre siècles, qui resurgit et qui a juré d'anéantir l'Église catholique.