"Je veux vous expliquer comment une famille, un petit groupe d'êtres, se comporte dans une société, en s'épanouissant pour donner naissance à dix, à vingt individus, qui paraissent, au premier coup d'oeil, profondément dissemblables, mais que l'analyse montre intimement liés les uns aux autres. L'hérédité a ses lois, comme la pesanteur." Emile Zola.

Toute acquise à Napoléon III dans le passé, grâce aux intrigues politiques de la famille Rougon, la petite ville de Plassans est maintenant sous le contrôle des légitimistes. Prêtre Bonapartiste, l'abbé Faujas, est envoyé de Besançon pour tenter de faire revenir la ville dans le droit chemin. Il est hébergé dans un premier temps par la famille Mouret. Il y a là François Mouret, quarante-cinq ans (fils d'Ursule Macquart) commerçant en retraite, sa femme Marthe Rougon et ses enfants, Octave, Serge et Désirée.

À la suite de la mort de son épouse, Jean Macquart, désespéré, personnage principal de "La Terre", reprend du service dans l'armée. Incorporé dans le 106e de ligne, il y est caporal. Ses hommes le respectent. Lors de la guerre franco-prussienne de 1870, il ne peut qu'assister impuissant à l'effondrement de l'Empire et à la déroute de ses armées.

A Plassans, berceau provençal de sa famille, tandis que le Second Empire est tombé depuis deux ans, Pascal Rougon vit auprès de sa nièce Clotilde qu'il a élevée et qu'il adore. Il travaille depuis trente ans sur l'hérédité, prenant comme champ d'étude sa propre famille dont il a constitué un arbre généalogique. Il a accumulé sur chaque membre des Rougon-Macquart des dossiers que sa mère aimerait détruire, pour que disparaissent toutes traces de la naissance de la famille.

En 1856, Eugène Rougon, un ancien avocat de province qui a contribué à faire l'Empire et que l'Empire a fait, se sentant proche de sa disgrâce, préfère prendre les devants et démissionner de la présidence du Conseil d'Etat. Mais ses amis ont besoin de lui, et sa chute les embarrasse. Ils s'inquiètent de le voir tromper son ennui par un projet de défrichement des Landes qui le conduirait à une sorte d'exil, et parmi tous ceux qui travaillent à son retour en grâce la plus active est la troublante Clorinde qu'il a refusé d'épouser.