Après avoir quitté une Terre mourante du fait des erreurs de nos sociétés, l'Arche, premier vaisseau à coloniser une exoplanète, arrive au bout d'un long voyage de 80 ans. Les colons sortent de leurs caissons cryogéniques et découvrent ce qui doit devenir un nouveau commencement pour l'humanité. Une nouvelle planète, un monde principalement végétal baptisé Eden.

Quelque chose a été découvert sur Terre, au fond de l'océan. Un ancien artéfact, semblable à une porte géante, encastrée dans le fond marin. Une énigme gigantesque, enfouie et oubliée... dix-neuf mille pieds sous terre. Afin de l'étudier, Maas-Dorian, l'entreprise la plus puissante de la galaxie, a construit tout autour de l'artéfact un immense laboratoire autonome et secret. Le nom de cette base est FATHOM. Son objectif : percer les secrets de l'artéfact et découvrir ce qu'il recèle. Mais certains mystères devraient rester enfouis. Et certaines portes devraient ne jamais être ouvertes.

Liss commande l’Espadon, un chasseur d’épaves. Il aime son métier mais la concurrence est rude et il a bien du mal à joindre les deux bouts. Il peut cependant compter sur un équipage compétent et fidèle, prêt à prendre des risques si le jeu en vaut la chandelle. De retour sur RAMS_2A12 avec malheureusement, comme d’habitude, un modeste butin, Liss espère que cette fois, Samantha, la jeune chercheuse spécialisée dans l’étude des disparitions de vaisseaux, aura déniché pour lui une mission plus rentable.

Tout frais émoulus de l'École de l'Espace, Nil, Mila, Élisabeth et bien d'autres, sont en train de rejoindre l'Esperanza 64 en orbite. Comme son nom l'indique, le vaisseau est le 64e du nom et, à l'instar de ses prédécesseurs, il va, sous deux mois, être lancé vers une étoile proche dans le cadre du programme Exodus. Manœuvré par un équipage de 4 000 hommes et femmes, il mettra des milliers d'années pour atteindre sa destination. Il emporte dans sa soute 25 000 000 de caissons, communément appelés cercueils, où sont conservés, congelés, les futurs colons de l'hypothétique exoplanète.

2182. A bord d'arches géantes, les humains fuient une Terre sur le déclin. Leur destination ? Sinisyys, une autre planète bleue découverte aux confins du système Eridani. Parmi ceux qui rêvent de la rejoindre, Eric et Johanna. Or, après avoir émergé du sommeil cryogénique, ils comprennent qu'ils n'ont pas atteint Sinisyys mais une structure artificielle si grande que l'esprit humain ne réussit même pas à en imaginer les limites. Où sont-ils ? Comment sont-ils arrivés là ?