"Je veux vous expliquer comment une famille, un petit groupe d'êtres, se comporte dans une société, en s'épanouissant pour donner naissance à dix, à vingt individus, qui paraissent, au premier coup d'oeil, profondément dissemblables, mais que l'analyse montre intimement liés les uns aux autres. L'hérédité a ses lois, comme la pesanteur." Emile Zola.

Toute acquise à Napoléon III dans le passé, grâce aux intrigues politiques de la famille Rougon, la petite ville de Plassans est maintenant sous le contrôle des légitimistes. Prêtre Bonapartiste, l'abbé Faujas, est envoyé de Besançon pour tenter de faire revenir la ville dans le droit chemin. Il est hébergé dans un premier temps par la famille Mouret. Il y a là François Mouret, quarante-cinq ans (fils d'Ursule Macquart) commerçant en retraite, sa femme Marthe Rougon et ses enfants, Octave, Serge et Désirée.

En 1856, Eugène Rougon, un ancien avocat de province qui a contribué à faire l'Empire et que l'Empire a fait, se sentant proche de sa disgrâce, préfère prendre les devants et démissionner de la présidence du Conseil d'Etat. Mais ses amis ont besoin de lui, et sa chute les embarrasse. Ils s'inquiètent de le voir tromper son ennui par un projet de défrichement des Landes qui le conduirait à une sorte d'exil, et parmi tous ceux qui travaillent à son retour en grâce la plus active est la troublante Clorinde qu'il a refusé d'épouser.

Serge Mouret, ordonné prêtre à l'âge de vingt-cinq ans, choisit d'exercer son ministère dans le village des Artaud, à quelques kilomètres de Plassans, sa ville natale. Il voue un amour mystique pour la Vierge Marie, accompagné d’extases, de visions et de mortifications qui finissent par le rendre gravement malade. À deux doigts de mourir, il est confié par son oncle, le docteur Pascal, à Jeanbernat et à sa nièce Albine, qui vivent dans une propriété à l’abandon appelée Le Paradou. La faute de l'abbé Mouret est le cinquième volume des Rougon-Macquart.

A Plassans, berceau provençal de sa famille, tandis que le Second Empire est tombé depuis deux ans, Pascal Rougon vit auprès de sa nièce Clotilde qu'il a élevée et qu'il adore. Il travaille depuis trente ans sur l'hérédité, prenant comme champ d'étude sa propre famille dont il a constitué un arbre généalogique. Il a accumulé sur chaque membre des Rougon-Macquart des dossiers que sa mère aimerait détruire, pour que disparaissent toutes traces de la naissance de la famille.